Foran den nuværende bygningKøbenhavn Vineyard blev startet i 1997, da et team på syv personer fra daværende Aars Vineyard rejste til København, og efter et par måneder var temaet vokset til 15 personer. I spidsen for teamet var Anne og Flemming Mølhede, som ledte Aars Vineyard fra 1990 til 1997, og Flemming Mølhede er stadig ledende præst i København Vineyard.

De første par måneder af kirkens opstart, samledes teamet hovedsageligt i en netværksgruppe, indtil den første offentlige gudstjeneste blev afholdt den 19. april 1998 i Det Færøske Hus på Vesterbrogade. Efterhånden udviklede denne kirkeplantning fra Aars Vineyard sig til en kirke, hvilket resulterede i en officiel anerkendelse som kirke den 20. juni 1999 med navnet “København Vineyard Christian Fellowship”, men kirken kalder sig blot København Vineyard.

Fra maj 2000 begyndte kirken at afholde gudstjenester på Filippavej 3, som tilhører Apostolsk Kirke, men i vinteren 2007-2008 købte København Vineyard sin egen bygning. Den nye kirke på Nyvej 7 blev taget i brug den 1. maj 2008.

København Vineyard er vokset stødt gennem årene, og kirken har i dag omkring 550 medlemmer, hvor størstedelen er fordelt i cirka 35 netværksgrupper, som samles i private hjem hver uge.